基本编码规则
基本编码规则是对整个分类系统而言，如果是对某一章或某一种情况的特殊规则将出现在各章的解释中。
一、单一编码和多数编码
单一编码： 无论是医院住院病人疾病分类统计还是单病种管理报表均采用单一编码，即不管病人存在多少疾病情况都只采用一个疾病编码作为统计编码。
多数编码：除了医院统计报表外，为了其他目的使用疾病分类的情况一般都是采用多编码方法，也就是一切影响病人治疗的疾病都给予编码，包括并发症和伴随疾病。
二、编码级别
ICD-10本身有类目、亚目和细目之分，如果有亚目者，必须编码至亚目一级。没有亚目的类目才编码类目一级。为满足医院的医疗、研究、教学、管理及医疗付款等方面需要，我国医院多使用六位数编码。2012年全国已经发布了统一的6位数扩展编码库，全国各级医院都应使用。对于没有包含的疾病，医院也可以给予临时六位数编码，一旦下发出补充的六位数疾病编码，即应更正。
三、慢性疾病急性发作
. 慢性疾病的急性发作，原则上是按急性编码。
. 对于一些在治疗中没有其他特异性治疗的，仍将按慢性病编码。
. 在索引中，有少数慢性疾病的急性发作有特别说明的，按说明编码。
四、怀疑诊断
在病人出院时仍不能做出肯定的疾病诊断时，有两种处理方式。
. 只有一个怀疑诊断，这时要假定为实际情况编码。
. 当某一个症状或体征后，跟随一个或多个怀疑诊断时，只编码症状，怀疑诊断可视情况给予编码或不予编码。
所有怀疑诊断应在计算机中作一个怀疑标识，以便于准确地提取或剔除这些资料。
五、晚期效应
晚期效应（后遗症）是指疾病本身已不复存在，但残存着某些影响身体情况的症状、体征。在ICD-10中，各个后遗症的类目都有定义的说明，归纳为:
. 医生诊断特指为后遗症或晚期效应或陈旧性或静止性或非活动性的疾病。
. 某些疾病情况在发病一年以后一残留表现。
不是所有的疾病都有晚期效应。晚期效应的类目有：
编码原则：
. 后遗症的类目是用来指出不复存在的情况是当前正在治疗或调查的问题的起因，编码就不强调那个不复存在的问题，而要优先编码后遗症的表现
. 当后遗症的表现没有指出，又不能获得进一步的说明时，后遗症编码可以作为主要编码。
. 当临床书写为后遗症而又没有后遗症分类时，可分类疾病本身的编码。
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